南昌铁路运输检察机关于1980年8月21日恢复重建，成立全国铁路运输检察院南昌分院，上隶全国铁路运输检察院，下辖南昌、福州、鹰潭三个基层铁路检察院。1984年10月1日，全国铁路运输检察院南昌分院随南昌铁路局一并撤销，南昌铁路运输检察院与鹰潭铁路运输检察院、福州铁路运输检察院隶属上海铁路运输检察分院领导。1986年，鹰潭铁路运输检察院随鹰潭铁路分局撤销，管辖并入南昌铁路运输检察院。南昌铁路局成立后，1997年8月20日，成立江西省人民检察院南昌铁路运输分院（简称：分院），隶属江西省人民检察院领导，下辖基层南昌铁路运输检察院（简称：南昌院）；2004年5月8日，福州铁路分局与南昌铁路局合并，上海铁路检察分院所辖福州铁路运输检察院（简称：福州院）划归分院领导，至此形成两级三院的组织结构。2012年，全国铁路运输检察机关管理体制改革，铁路运输检察机关移交属地管理。6月14日，分院和南昌院移交江西省人民检察院属地管理；6月22日，福州院移交福建省人民检察院属地管理；福州院移交后，人、财、物管理职权移交福建省人民检察院，分院继续领导业务工作，维持两级三院的组织结构。